À l'époque romaine, les deux îles portaient le nom de Duolimonis.

Au VI^e siècle, saint Marcouf, né en 490 à Bayeux, alors dans le royaume de Neustrie, s'y retirait pour y passer le carême. À sa mort en 558, il fut enseveli près de Coutances, dans l'abbaye de Nanteuil qu'il avait fondée. Le saint, connu pour guérir les écrouelles (ou scrofules), donna alors son nom à l’archipel.

En 898, sa dépouille fut transférée à l'abbaye de Corbeny près de Laon (Aisne) pour la soustraire aux raids des Vikings. Ses reliques eurent la réputation de guérir les écrouelles. Cette croyance est à l’origine du pèlerinage effectué par les rois de France à l'abbaye de Corbeny le lendemain de leur sacre à Reims.